三峡库区水环境演变与污染防治重庆市重点实验室于1997年应三峡库区水环境保护需要由重庆三峡学院筹建，于2011年获批重庆高校市级重点实验室，于2018年1月获批重庆市重点实验室。2023年联合长江水利委员会水文局长江上游水文水资源勘测局，顺利通过重庆市科技局开展的重庆市重点实验室优化重组工作。现任实验室主任为付川教授，特聘国家生态环保部技术专家组组长尹伟伦院士为学术委员会主任。

 基于三峡库区水体环境保护的需求，结合国内外发展趋势，实验室以三峡水库成库及运行过程中污染物在三峡水库产汇及其在生态系统中的迁移转化、大气-水体-土壤-生物等介质间污染物迁移转化过程与机理，多尺度、多角度、多维度揭示三峡水库成库及运行过程中生态环境演变过程及其对流域人类开发活动的相应机制，开发服务于库区经济社会发展的环境管理策略与适应库区产业发展的水污染防治技术为目标，以三峡库区水质演变与水生态安全、三峡库区水污染控制理论与技术、三峡水库消落区生态修复与重建、三峡库区大气干湿沉降为主要研究方向，重点研究三峡水库成库初期水体污染物通量的时间-空间变化特征、成库运行初期污染物源—汇关系、环境微生物治理技术、好氧颗粒污泥和膜生物反应器技术、生物脱氮除磷与富营养化控制技术、植物群落的时空配置模式和土壤基质改良和生态屏障植被构建技术。

 实验室现有科学研究人员、技术支撑人员和管理人员等61人，其中正高职称20人，副高职称26人，中级职称15人，具有博士学位研究人员39人。其中国家环境保护专业技术领军人才3人，获得国家自然基金优青项目资助1人，重庆市市科技创新团队2个，重庆英才创新创业团队1个，重庆市学术技术带头人2人，重庆市学术技术带头人后备人选2人，重庆巴渝学者2人，万州区平湖英才2人，万州区学术技术带头人4人，重庆市环保局环境影响评价专家1人，重庆市环保局环境应急安全专家2人，万州区专业技术拔尖人才1人，硕士生导师20人。现拥有“三峡库区水质演变与水环境安全”重庆市高校创新团队1个。聘请中科院重庆绿色智能技术研究院、南京地理与湖泊研究所、环保部华南环境科学研究所、北京林业大学等科研院所和高校研究人员24名为客座教授合作开展三峡库区水环境研究。依托重点实验室建有院士专家工作站、重庆市2011协同创新中心、重庆绿色生态工程学院、低碳技术与服务产业学院、重庆市工程技术研究中心、“资源与环境”博士点（立项建设阶段）等专业平台10余个，实验室面积14000余平方米，实验设备总值2.1余亿元，有智慧教室、云平台等现代化教学交流平台。 实验室现有科研团队研究室12个，分析测试中心1个，科学观测基地4个。

    近年来，实验室承担了“九五”至“十二五”三峡库区泥沙相关专题研究工作、三峡工程运用后泥沙关键技术国家科技支撑项目和“三峡水库消落区沉积物典型重金属汇源属性转换机制研究”、“土壤干湿循环过程控制中速周转碳库分解温度敏感性的关键机制研究”、“三峡库区消落带种子库动态及多年生草本植物适应机制”等国家自然科学基金等国家级科研项目21项，省部级科研项目26项，横向项目20余项，校区级科研项目63项，科研经费近5800余万元。近几年，实验室研究人员在Water Research、Environmental Toxicology Pharmacology、Analyst、Journal of Environmental Science and Health等国内外刊物上发表学术论文300余篇，其中三大检索（SCI、EI、ISTP）收录论文120余篇；编著《环境生态学理论及其污染防治技术研究》、《环境分析科学》、《环境敏感区域的保护原理与方法》等论著5部；授权发明专利10项，授权实用新型专利12项。获得国家科学技术进步奖二等奖1项，大禹水利科学技术奖一等奖1项，重庆市自然科学奖三等奖1项，重庆市科技进步奖三等奖1项，新疆科技进步奖二等奖1项。